Я думаю, что стоит идти от общего к частному. В дальнейшем считаем, что мы говорим об ASP.NET MVC 3 или 4 (хотя сейчас даже 5 вроде вышел, хотя я не уверен в этом).
Models, Views, Scripts, Controllers, App_Start — это все папки, что могут Вам понадобиться. Возможно, для всякой фигни типа MembershipProvider, каких-то хелперов, которые на уровень домена не вынесешь, понадобится еще одна папка Infrastructure.
Сервак делим стандартно — Project_Name.Web, Project_Name.Domain. Если требуется вынести доступ к данным в отдельный проект — на здоровье.
С клиентом веселее.
Во-первых, стоит помнить про различие PartialView и EditorTemplates.
Во-вторых, следует дробить View на PartialView.
В-третьих, если Вы используете какой-нибудь модный MVVM-фреймворк, то Вам следует также выделять скрипты Вашего приложения в отдельные папочки.
И да, я не знаю подобных проектов. =) Я считаю, что за организацией кода лучше смотреть что-нибудь большое и непонятное. Типа исходников движка Razor или EntityFramework.
Если я в чем-то неправ — поправьте.
