Папки по разному, зависит от объема и назначения. Для больших папок используется resilio, для мелких вполне годятся всякие синхронизаторы от облачных сервисов.
Это насчет папок.
По поводу бэкапов - бэкапы не синхронизируют, этого делать нельзя, это делать неразумно, поэтому это и не делают.
-веб-проекты на гитхабе
-удаленные юникс-серваки по rsync на сетевое хранилище
-офис1 - спец ПО (acronic, veeam backup для вирт серверов) на сетевое хранилище
-офис2 бюджетно - средствами win2008 (wbadmin по smb на сервак freebsd+zfs). Средствами zfs делаю снимки и получаю бекапы за 15 последних дней. Подробности https://4admin.info/резервное-копирование-недорого/