Сделайте отдельные переменные текущей страницы для этих двух списков, page_l1 и page_l2 например.
Ну а по хорошему, можно рассчитать одну навигацию для двух списков сразу.
Например, в одной таблице 20000123 записей, во второй 123450, приравняемся к большей таблице и ее показу в 1000 записей, тогда
20000123/1000=123450/X
X = (123450 * 1000) / 20000123 = 6
Итого на 1000 записей из большей таблицы, мы будем показывать 6 записей из меньшей.
Проблема в том, что если меньшая таблица сильно короче, то нам придется из нее выбирать по одной записи, и у нас в самом конце пагинации списка из меньшей таблицы вообше не будет.
PS. Поправьте в расчетах, если ошибся