Оплата без СМС невозможна. 3d-secure придуман для защиты продавцов: если операция совершена без 3d-secure, то за мошеннические операции несёт ответственность продавец, а если же операция совершена с кодом, то ответственность несёт покупатель (или, если повезёт, банк). Т.е. если требуется ввод кода, то он обязателен и на стороне покупателя ничего с этим не сделать.
Для себя решил проблему тупо покупкой usb-модема, выпуском отдельной карты и парсингом смсок.