Была такая же необходимость, когда кастомизировал bitrix:catalog.top.
Берем содержимое папки
/bitrix/components/bitrix/catalog.item/templates/.default/
и копируем в
/local/templates/Название_шаблона/components/bitrix/catalog.item/Название_кастомизированного_шаблона/
У вас может немного отличатся путь, но смысл думаю будет понятен.
После этого в коде шаблона, который вызывает компонент bitrix:catalog.item надо указать "Название_кастомизированного_шаблона".
<?
$APPLICATION->IncludeComponent(
'bitrix:catalog.item',
"catalog_item_top",