Возможно, что произошёл какой-то глюк с Git в папке проблемного проекта, либо же IDE, если с ней была работа перед проблемой, что-то изменила/сохранила в файлах.
В любом случае, если Вы файлы не меняли, т.е. до проблемы были с зафиксированным коммитом, то можно просто вернуть все изменённые файлы к состоянию последнего коммита: git checkout .
UPD: не заметил оговорку, что Вы работали с одним файлом. В данном случае, командой вида git checkout file.cpp (где file.cpp - это файлы, которые Вы не меняли) можете вернуть состояние как при последнем коммите всем изменённым файлам, не трогав тот, с которым Вы работали.
