Вы все делаете правильно, но не до конца. В проекте у вас в каждой папке свой модуль (такой сущностью может быть хидер, футер, блок авторизации, блок новостей), и в этой папке для модуля лежит свой css, js, графика, шрифты и короче все что нужно. Над всем этим сборщик, некое решение, которое ищет в вашем проекте зависимости и сливает в один файл одного типа, css к css'у, js к js'у. В итоге в продакшене у вас один css (ну или максимум 2, т.к. еще critical path css надо собрать), и один js.