Для Debian нет проприетарных кодеков и энкодеров. Особо это актуально в более-менее новых версиях.
Это означает, что очень большое количество форматов видео не будет поддерживаться Debian.
Когда столкнулся с этой проблемой, нашлось достаточно простое решение — работать с Ubuntu. Там этих проблем нет — просто ставятся пакеты со словом «restricted» в имени.
Админ сказал, что в продакшене нашлись пакеты с популярными кодеками, энкодерами и демуксерами для FreeBSD.