В проекте есть папка results и вложенная в нее results/graphs
И в первой и во второй будут содержатся файлы которые должны игнорироваться git'ом.
Обе эти папки нужно добавить в репозиторий так что бы при клонировании эти папки также создавались сразу же. Есть способ добавить файл .gitignore с содержимым:
# Ignore everything in this directory
*
# Except this file
!.gitignore
Если два таких файла добавить и в results и в results/graphs то git будет видеть только results, а graphs проигнорирует и не добавит в репозиторий, оно и понятно почему.
Как решить поставленную задачу?