Некоторые приложения не откроются по двойному клику из файлового менеджера в зависимости от обстоятельств.
Иногда приложение запустится, но оно консольное, поэтому вы просто не видите никакого консольного вывода во время работы приложений.
В общем случае лучше открыть терминал в нужной директории (или просто открыть терминал и перейти в нужную директорию) и запустить команду оттуда, например:
cd /home/user/firefox
./firefox