JNDI можно использовать для доступа к общим ресурсам, вроде соединений с БД, очередей сообщений, конфигурационных переменных. К примеру, можно в настройках сервера приложений создать соединение с БД, которое будет использоваться несколькими приложениями.
Однако, сейчас JNDI становится менее популярным инструментом, так как современные приложения разворачиваются в большинстве случае не в серверах приложений. Для распределённой конфигурации сейчас есть такие инструменты, как Spring Cloud Config, Apache Zookeeper, Consul и прочие.