Стоит ли сейчас разрабатывать web-проекты с использованием Java EE
Вполне себе стоит, если душа не лежит к Spring или не позволяет корпоративная этика
насколько я понял его пустили в свободное плавание на github
Такое себе
"свободное" плавание. ИМХО, выход из-под крыла Oracle только в плюс пойдёт.
Насколько зависим Spring от Java EE ?
Spring Web зависит от Servlet API, может использовать в качестве отображений JSP, а также интегрирован с JSF. Spring Data JPA, как видно из названия, основан на JPA. Есть возможность использования JMS. И т.д. в целом, т.е. Spring очень тесно связан с Java EE
