вам нужно изменить только DocumentRoot в настройках вашего сервера. Это всё благодаря alias, которые используются в yii2, и любое упоминание папки web заменено на @ webroot alias.
А объявляется он в ядре фреймворка вот так:
Yii::setAlias('@webroot', dirname($request->getScriptFile()));
т.е, откуда был запущен index.php, там и будет папка, играющая роль папки web.
Подробнее: исходники класса yii\web\Application.