Если Вы говорите об изменение пути, прописанного в DocumentRoot (в случае с веб-сервером Apache) на новый, т.е. об изменении исключительно внутреннего поведения веб-сервера, то в глазах поисковых систем ничего не изменится. Поисковые системы видят только HTTP заголовки (ну и само тело запроса), отдаваемые Вашим сервером. Внутренние настройки от них скрыты.
Если же Ваши манипуляции предполагают так же изменение URL адреса, то воспользуйтесь редиректом, как предлагает
max_mara.