Очевидно, ответом будет "работать с мелкими файлами в excel"
Для начала сделайте бекап всех файлов. Теперь Найдите самые жирные файлы (десятки и сотни мегабайт) и попробуйте удалить старые данные, которые не используются в расчетах. Если бухгалтера при этом начинают кричать и демонизироваться, остановитесь и попробуйте следующий файл. Перепишите все медленные макросы. Разделите файлы по выполняемым задачам. Не надо кидать все яйца в одну корзину. Найдите альтернативы используемым решениям вне excel. Используйте современные версии файлов и офиса.
Так то проблема тут гораздо шире, нужно учитывать все, начиная от конфигурации пк бухгалтера, заканчивая их скиллом и выполняемыми задачами, поэтому найдите специалиста, который поможет вам разобраться со всеми проблемами.