Я так понял что вы еще не разобрались с тем как пользоваться системой контроля версий. Отсюда и желание положить несжатые файлы на сервак чтоб не потерять их. Так никто не делает, потому что это путь к провалу. Как делают:
1. Весь код хранится в системе контроля версий (GIT). Считайте что это файловое хранилище вашего проекта, к которому имеет доступ любой разработчик
2. Перед тем как залить код на сервер, он прогоняется через программу, которая жмёт и склеивает в один файл весь javascript и css. Обычно этот шаг автоматизирован. В вашем случае я бы начал делал эту рутину руками, пока не надоест и не захочется это автоматизировать при помощи, например, Gulp.
Вот тут вы можете зарегистрироваться и создать приватное GIT-хранилище для своего проекта:
https://bitbucket.org/, а затем положить в него файлы проекта. После того как вы зарегистрируетесь, и создадите GIT-хранилище (кстати, в терминах гита, хранилище называется "репозиторий"), у вас появится ссылка на это хранилище. Эта ссылку - тот адрес, по которому хранятся рабочие файлы вашего проекта. Для других участников проекта (разработчики, заказчики, тестировщики) гит-репозиторий проекта важен даже больше, чем файлы на сервере. Потому что к файлам на сервере обычно имеют доступ только избранные, а к файлам проекта дожны иметь доступ все участники.
