В таких случайх не достаточно иллюстратора. Сохрани каждый слой отдельным SVG. Потом открой все текстовым редактором и патчи перенеси в группы (каждую группу под свой ID). Тогда прям к CSS сможешь делать fill любому ID
ну или прям в SVG допиши онХовер
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<svg xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" viewBox="0 0 70 100">
<path fill="#f43da0"
d="M35,0C15.669,0,0,15.715,0,35.101S35,100,35,100s35-45.513,35-64.899S54.33,0,35,0z M35,47.79
c-6.988,0-12.653-5.681-12.653-12.688c0-7.008,5.665-12.688,12.653-12.688c6.987,0,12.651,5.681,12.651,12.688
C47.651,42.108,41.987,47.79,35,47.79z">
<animate fill="freeze" dur="0.1s" to="#3fc1c9" from="#f43da0" attributeName="fill" begin="mouseover"/>
<animate fill="freeze" dur="0.1s" to="#f43da0" from="#3fc1c9" attributeName="fill" begin="mouseout"/>
</path>
</svg>