К примеру есть два ip на сервере, два разных сайта.
Настроено для первого сайта
listen 443;
server_name test;
ssl on;
ssl_protocols SSLv3 TLSv1;
Для второго
listen 443;
server_name test2;
ssl on;
ssl_protocols SSLv3 TLSv1;
Когда открываю
test/
А когда открываю
test2/ то тоже выдается сертификат от molecule.asia