Может быть нет модуля? И как следствие ничего не работает, как Вы и попросили.
B еще 1 момент, у Вас на сервере NGIX а значит htaccess вообще может не на что не влиять. Хотя есть конфигурации, где он срабатывает, но вообще htaccess это файл для сервера Apache, а не NGIX. Так что думаю Вам сюда
ну не факт, nginx может проксировать все апачу, так бывает тоже (например, когда сервер ставится однокликом из админпанелей всяких, и обнаруживается, что wp без полного подчинения .htaccess-у не работает - часто просто жмут спец.галку в админке «гнать все через апач», но не заморачиваются выпиливанием нжинкса из цепочки).
ps а еще слышал мнение, что нджинкс перед апачем даже в режиме прозрачного прокси дает какойто гешефт по сравнению с голым апачем... но подробностей не помню, не вникал.