JavaScript в Unity3D нет, есть что-то непонятное под названием
UnityScript.
C# лучше, потому что:
- мощный язык, спроектированный и развивающийся профессионально, а не по принципу «слепим язычок из JS, явной типизации и палок»
- большинство примеров в сообществе показано на C# — проще найти решение и найти помощь
Как джаваскриптеру с 10-летним стажем мне было проще писать на C#, чем на этом якобы JS.