Если Вы прикрепите к вопросу пример кода - вопрос будет понятнее. А пока - недостаточно данных.
В общих чертах, чтобы Вам было куда копать:
Ваш фреймворк или CMS или собственная реализация валидации, видимо, добавляют классы error к полям, которые валидацию не прошли. Bootstrap по умолчанию применяет свои стили для полей с этим классом, если Вы тянете в проект весь фреймворк. Отсюда и проблема.
Bootstrap по умолчанию не имеет никакой собственной реализации валидации. Все дело в классах, которые появляются у полей.
Посмотрите через панель разработчика что происходит с DOM при непрохождении проверок.