Вопрос довольно мутный, отвечаю, как понял.
Видимо, вследствие заражения в индекс попадают страницы, сгенеренные вирусом, которых на самом сайте - и, тем более, в индексе - быть не должно.
Корректное решение пробемы, на мой взгляд - создание sitemap, отражающего реальную карту сайта, и скармливание его поисковикам.