вы неправильно используете GIT. Цель ваших команд какая? Получить обновленный код в конкретной ветке?
что значит удалил файлы из локального проекта? - это значит вы внесли изменение в проект, удаление файлов.
вы должны теперь сделать или Commit (Применить) или Revert (Вернуть, отменить) изменения.
Вообще странно что вы работаете напрямую в мастере, хотите удаляете файлы.
Почитайте Git-Flow
Из мастер вы можете только читать! Получать ветку master чтобы от нее делать другие ветки - feature_, develop_ или fix_.
Они уже в свою очередь доступны вам на изменение. Затем вы их коммитите в удаленный репозиторий.
Затем делаете pull-request.
Затем - слияние, разрешение конфликтов и т.д.
И только потом git pull origin master.
