Аналогичная проблема. Метрика не видит большую часть посетителей. ДНС припаркованы на Cloudflare. Всё настроено как надо, кэширование отключил. Ботов Яндекса добавил в белый список. Ничего не помогает, метрика большую часть трафика на сайт не видит. В Гугл Аналитике посетителей больше, во внутренней аналитике Cloudflare тоже другая картина. В Яндекс писал, бесполезно.