Тожа ржу нимагу.
Ученые идиоты, да.
Ну дык поставьте зачет сообразительному студенту своему....
Канечна нужно использовать сервер баз данных. Да, например, PostgreSQL.
Для него упомянутые вами объемы просто смешны.
Хотя, вполне можно обойтись и CSV, при условии, что вам нужно отдавать результаты ПОДРЯД из CSV, а не искать их в разных местах файлов CSV.
При извлечении данных в разброс - лучше использовать именно специализированную СУБД.