Так происходит не только со счетом, но и с реализацией на основании заказа. Фишка в том, что кроме документа "Заказ покупателя" еще есть документ "Корректировка заказа покупателя", в котором могут отказаться от некоторых изначальных позиций или добавить новые. Документ нужен для тех случаев, когда клиент меняет свое решение по первоначальному заказу и эту информацию нужно где-то фиксировать, но сам заказ должен остаться неизменным для выплаты бонусов торговому агенту или он уже ушел в какую-то другую систему документооборота и потому его правка запрещена.
Итого получаем, что данные которые пользователь видит в документе заказ, не всегда соответствуют реальному содержанию заказа, который фиксируется в регистре накопления по заказам и можно проанализировать соответствующим отчетом. Именно поэтому при вводе новых документов на основании заказов данные берутся из регистра заказов с той сортировкой, которая там получилась.