Поделитесь опытом, пожалуйста
Так ведь поделились уже — просто погуглите книжки или туториалы по Git, заюзайте github для практики — основные команды займут 20 минут изучения максимум. А если юзать внутри
IDE с поддержкой git, то вообще не нужно будет думать об этих командах (ну почти :)).
Это же происходит на боевом сервере?
Нет, есть такие штуки как тестовые сервера. alpha, beta, stage — по разному называют их. В поднятии таких штук может помочь
Vagrant.
Как отслеживать изменеия в структуре бд?
С помощью миграций (тут нужны знания от программиста или желание изучить).
Как переносить изменения из рабочего файла в боевой?
бесплатно: rsync, git pull
платно и профессиональнее:
beanstalkapp.com/ (и аналоги)