Приложения которые на флешке, не подхватываются после обновления ПО на телефоне, или Сброса к заводским настройкам. Вам в сервисе наверное перепрошили телефон, или сбросили к заводским настройкам.
Контакты всё еще хранятся у гугла. если вы перед тем как отдавали телефон в ремонт, включили синхронизацию контактов. А вот настраивать и ставить приложения придется заново.