Смотри, грубо говоря если ты поставишь траверс папок на папку, то доступа в папку у пользователя не будет, все файлы находящиеся в ней будут скрыты, однако в них можно будет попасть по прямой ссылке.
Сори я сразу не разобрался: там 2 функции навешано - и траверс папок и контроль исполняемых файлов. Отсюда и возникла путаница. В общем - спасибо, помогли разобраться.