Замечаю в статья про javascript такое слово, как приложение.
Разве это не отдельная программа?
Подскажите, о чём идёт речь и каким боком тут js и html с css.
В большинстве случаев, имеется ввиду "сайт - это веб-приложение".
Если говорить про JS (в частности NativeScript), то тут говорится об мобильном приложении.
Так что все зависит от контекста.