Крон настраивается очень просто. Юзером, от имени которого нужно запускать скрипт, настраиваете кронтаб файл
crontab -e
и добавляете строчку
0 0 * * *
что означает - в нулевую секунду, нулевого часа (0:00), каждый день месяца, каждый месяц, каждый день недели, выполнить команду
В качестве команды пропишите вызов вашего скрипта.
Позаботьтесь об указании полного пути к файлам.