Как это делать? не моуг разгуглить, желательно средствами python. Суть в том, что запускаешь пайтон скрипт, он начинает считать время и показывает сколько с момента запуска скрипта курсор был в движении.
Посмотрите в сторону wxwidgets или qt и биндингов этих библиотек с питоном. Есть стандартное демо-приложение под названием xeyes (глаза), это приложение как раз и следит за курсором и рисует глазки. Изначально это приложение написано на C на чистом xlibs, но функционал должен присутствовать в любом фреймворке.