Фавориты — Yandex Money, Qiwi или все в одном — Робокасса.
Есть готовые наработки в сети или можете все своими ручками.
Думаю, что при открытии интернет-магазина, способы оплаты должны идти после выбора технологии на которых он будет реализован. Иначе, вы бежите впереди паровоза, задавая такой вопрос без уточняющих данных.