Антивирус для сервера нужен в немногих случаях - это если он исполняет роль файл-сервера с шарами или на нем работают пользователи терминалов.
В первом случае он и не нужен. Даже хватит встроенного Windows Defender, т.к. вся зараза будет идти с рабочих станций. Лучше озаботится защитой пользователей.
Во втором случае можно опять же обойтись Windows Defender. Он отловит почти все самое распространенное в сети.
1. Настроить проверку по расписанию когда сервер не нагружен работой пользователей.
2. Обязательно никаких прав админа у юзеров.
3. Исключить из проверки файлы подкачки и т.п. - все, что по вашему мнению не может быть изменено с правами пользователя. Это разгрузит файловую систему и придаст скорости. Любой антивирус - это потеря в производительности.
И бэкапы, бэкапы и только бэкапы)))