Здравствуйте.
Всегда используйте кодировку:
var file = evt.target.files[0];
var reader = new FileReader();
reader.readAsText(file,"CP1251");
reader.onload = function(event) {
var csvData = event.target.result;
}
Neoline: Специально перепроверил всеми возможными редакторами и программами - cp1251, я тоже сомневался. Я думаю что сам браузер может как то не так вытаскивать файл. Бывало что он преобразовывал символы в нечто не понятное. Так как даже PHP функции не справились.