Можно ли скопировать файл с 32х системы на 64х данный файл?
Для чего? В этом нет смысла, ведь этот файл индивидуален для каждой инсталляции.
Может это HDD косячит?
Очень может. Нужен LiveCD/LiveUSB с WinPE и программой типа Victoria for Windows, которая позволит посмотреть S.M.A.R.T. статус диска и полечить сбойные сектора. Вполне возможно, после такого лечения исчезнет и проблема с файлом system.