На самом деле все просто -
SSD быстрый, но небольшой - на него нужно размещать информацию к которой критичен быстрый доступ, и ту информацию которая активно читается, пишется.
HDD медленный, и большой - на него нужно размещать информацию к которой некритичен быстрый доступ, или ту которая редко читается, пишется
В общем выносите на HDD архивы, коллекции семейных фотографий, папку в которой хранятся все сериии санта-барбары, и.т.п. А остальное по возможности на SSD.
В идеале - все на SSD, за исключением поддиректорий в /home хранящих тяжелые и редкоизменяемые данные.
Если все не влазит то
обязательно на SSD \temp, \var, swap
Остальное как влезет.