PEM - это общее название файлов, закодированных по следующей схеме:
первая и последняя строки - это текст -----BEGIN NEW CERTIFICATE REQUEST----- (либо CERTIFICATE, либо PRIVATE KEY, либо еще что-то) и -----END NEW CERTIFICATE REQUEST----- (и соответственно парная строка), а между ними base64-закодированный сертификат, запрос на сертификат, ключ - то, про что написано в заголовке.
Запрос на сертификат создается через openssl, а также есть разные программы для винды. Сертификат создается CA, которое обрабатывает запрос. Можно создать самому - это будет самоподписанный сертификат, ему никто не будет доверять, но в некоторых случаях на это можно забить.
Все зависит от того, для чего Вам файл понадобился