Для обозначения конца строки (line endings) в разных ОС используются разные наборы символов. Так, в unix-подобных системах, используется символ line feed (LF), а в ОС семейства Windows комбинация из двух символов carriage return и line feed (CRLF).
Git по умолчанию использует тот же способ, что и unix системы, то есть LF. Но если вы работаете в Windows, он автоматически будет конвертировать CRLF в LF при коммите, или наоборот при checkout-е.
P. S. Немного ошибся. Не уверен, будет ли по умолчанию git автоматически конвертировать. По этому, если кто-то из разработчиков использует Linux, а кто-то Windows, у вас могут появится неприятности. Так что лучше убедитесь чтобы настройка core.autocrlf была включена:
git config --global core.autocrlf true