Причем здесь CMS и загрузка файлов по FTP?
Точно не помню, но для CMS было не особо долго, иначе бы помнил. :)
FTP-клиент же логирует какие файлы загружаются, если вы видете как в логе появляются новые имена файлов, то все загружается, просто ждите, можно попробовать перейти на более быстрое интернет-подключение, например Wi-Fi заменить на Ethernet-кабель.