Привет.
Скорее всего проблема в этом:
сделали внутри темы папку cart
Перенесите файл в директорию
/woocommerce
и проверьте изменения корзины ещё раз.
Также полезно проверить права и владельца директорий и файлов. Если используете механизм дочерних тем, то этот файл должен быть именно в дочерней теме.