Папка vendor должна быть в режиме read-only. Если надо немного расширить или переопределить логику, то можно воспользоваться советом
hakkol. Если же нужно что-то пропатчить под себя или изменить какой-то пакет достаточно серьезно, то можно форкнуть его и править отдельным проектом. Затем композером заменить зависимость на свою, добавив свой репозиторий как источник.