Если вы используете стандартные средства WP меню и вывод его, то в выводимом коде меню у li имеющих дочерние элементы будет класс menu-item-has-children.
Нужно через js отменить действие вложенной ссылки.
$('li.menu-item-has-children > a').click(function(e) {
e.preventDefault();
return false;
});
Если используется какой-то нестандартный способ вывода, то скрипт надо модернизировать.
Так же как вариант в админке где создаешь меню использовать произвольные ссылки, и вместо ссылки вставлять #