Юрий верно говорит, только в Вашем случае надо не "App: src/" папку, а "App: classes/", т.е. корень ваших исходников. И расположить файлы в соответствии указанного PSR-0. (
www.php-fig.org/psr/psr-0 )
Также можно воспользоваться PSR-4 (
www.php-fig.org/psr/psr-4 ) там чуток другие правила.
Я, например делаю так:
"autoload": {
"psr-4": {
"Appname\\": "src/"
}
}
Соответственно код лежит в папке src со следующей структурой (Это, кстати, как раз Silex проект.):
src/
--Appname/
----Controller/
------IndexController.php
В контроллере будет
namespace Appname\Controller;
А использование его как
use Appname\Controller\IndexController as Control;
и еще помогает обновить автоловад
composer dump-autoload -o