Причём чем больше функций у меня в файле func.php (который инклудится)
Вы все функции храните в одном файле? Не думали что это функции занимают оперативную память? И чем больше вы пишете функций, тем больше он кушает памяти?
В WP Решается этот момент путем подключения меньшего количества файлов с функциями. Т.е. только те функции, которые нужны для текущего выполнения программы.