Технически вы можете начать грузиться с 64битного ядра, можно дальше накостылить прочую фигню.
Но не надо так.
apt-clone для клонирования всех установленных пакетов, сохраням /home и /etc, смотрим что у нас там еще есть(базы СУБД и прочее). А потом чистая система, apt-clone для восстановления пакетов и положить все на места.