Уже сказали
1) подключить ваш style после бутсрапа
2) на сайте можно выбрать элементы которые вам нужны и в css будут только они
Если вам все же нужно их именно переопределить(это займет больше времени), а не переписать некоторые, то
Каскадирование
То есть, если у вас:
.card {...}
То:
div.card{...}
Имеет > силу
Так что смотрите исходники и переопределяйте, потому что большинство стилей в bootstrap выглядят так
ul.pagination li a {
color: black;
float: left;
padding: 8px 16px;
text-decoration: none;
}