Я так подозреваю, что это та же причина, по которой, несмотря на наличие технологий криптозащиты с файлами ключей, бухгалтерия пользуется дискетами и USB-ключами. Иными словами, для аутентификации абонента надёжнее использовать аппаратный способ. Меньше риски. Создание системы с виртуальными SIM, эквивалентной по уровню безопасности физическим, имхо, будет стоить очень уж много денег — и при этом особой прибыли не принесёт (спрос будет, да, но окупаемость — не уверен).
Единственная надежда в таких случаях — на госрегуляторов, но они только сейчас продвинули сохранение номеров при смене операторов, виртуальные SIM в ближайшее время вряд ли светят. Хотя, написать кому-нибудь типа министра связи с просьбой проработать вопрос записи на одну физическую SIM-карту нескольких виртуальных средствами оператора — вполне можно.
Кстати, может быть Вам вместо виртуальных SIM рассмотреть вариант именно MultiSIM — одна SIM-карта, куда копируются данные 6 обычных, к примеру. Только что вот нашёл про
DualSIM адаптер с такой функцией