Допустим есть программа в ней есть внутренний счет на него можно внести деньги (как это делать понятно:подключить платежный шлюз и через него принимать платежи) и можно выводить деньги с этого счета,и во здесь не понятно,как это организовать?
Возможность использовать для выплат Яндекс.Кассу зависит от содержания сервиса :)
Как вариант, можно реализовать оплату между физлицами с помощь API кошелька Яндекс.Денег Вот пример такого сервиса: https://stretchpay.net/lp/
А вот API, на котором он сделан: https://tech.yandex.ru/money/apps/