1. Не надо добавлять ничего в /bin или /usr/bin, это — системные директории, туда должен добавлять только пакетный менеджер.
2. Настройте переменную PATH, пропишите себе ее, как PATH=$PATH:/opt/phpstorm/bin
3. Не запускайте подобные вещи от рута, вам не нужен gksudo для запуска редактора phpшных файлов.